Die Anfänge der Klostermedizin liegen in der Spätantike. Ausgangspunkt ist die Ordensregel des Hl. Benedikt, des Begründers des Benediktinerordens. Die Mönche und Nonnen greifen auf das medizinische Wissen der antiken Ärzte zurück und übernehmen als Grundlage die Viersäftelehre, die sog. Humoralpathologie.
Der Begriff „Klostermedizin" bezeichnet in der Medizingeschichte eher eine Epoche und weniger eine spezielle Therapiemethode. Diese Epoche der Klostermedizin umfasst etwa das frühe und hohe Mittelalter, insbesondere die Zeit vom 8. bis zum 12. Jahrhundert. In diesem Abschnitt wurde die medizinische Versorgung Europas vorwiegend von Klöstern, also von Mönchen und Nonnen, getragen. Die Klostermedizin verdankt ihre Entstehung zwei Katastrophen, die über die europäische Kultur im 5. und 6. Jahrhundert hereinbrachen: zum einen der Völkerwanderung, deren verheerende Auswirkungen auf die mediterrane Welt indes durch mehrere Seuchenzüge, die so genannten Justinianischen Pestwellen (ab 543 bis etwa 700), noch dramatisch verstärkt wurden. Mit dem Zusammenbruch des weströmischen Reiches (das oströmische Reich überdauerte beinahe das ganze Mittelalter) verschwand neben vielen anderen zivilisatorischen Gütern – wie etwa den allgemein verbreiteten Fähigkeiten des Lesens und Schreibens - auch das Medizinalsystem, das ganz vorwiegend in den Händen griechischer Ärzte gelegen hatte.